El carisma es un don de Dios para que la Congregación realice un servicio en la Iglesia y en el mundo. No sólo determina el fin de la Congregación, sino que también establece los tipos de obras de apostolado y la espiritualidad de toda la comunidad religiosa.
Al principio, la Congregación fue llamada por Dios, mediante el llamado carisma fundacional que había recibido, con el fin de formar y ayudar a jóvenes muchachas y mujeres precisadas de una profunda renovación moral.
El objetivo de las Hermanas de la Compañía de la Madre de Dios de la Misericordia no es sólo trabajar para procurar su propia santificación por la práctica de las virtudes cristianas y de los consejos evangélicos, sino también trabajar (…) para reformar muchachas y mujeres de mala vida, que habiendo dejado los malos caminos que llevaban tras de sí, desean regresar al servicio de Dios. (…). El hecho de querer evitar las caídas de dichas personas no es propiamente el objeto de nuestra Obra, (…); de ahí que el número de muchachas admitidas para estar bajo nuestra custodia y protección deba ser limitado. De ninguna manera se pueden aceptar bajo el concepto de internas o de otros conceptos similares aquellas que no aspiren a ser un día hermanas o personas que desean vivir en penitencia. Asumir la tutela o la dirección en casas tipo reformatorio o prisión sería incongruente con el objetivo de nuestra Obra y con la independencia que tanto desea mantener nuestra institución.
Las Constituciones 1909, art. 1.
En sus inicios, la Congregación fue creada con el fin de llevar a cabo en la Iglesia una tarea específica, a saber, el trabajo educativo con muchachas y mujeres moralmente decadentes (prostitutas) que voluntariamente querían cambiar su vida (carisma fundacional).
En la historia de la Congregación se fue desarrollando este carisma, por lo que la Congregación empezó a atender también a personas cuya vida moral estaba amenazada. Al tomar en consideración las condiciones de vida de la sociedad y que la edad de las muchachas sometidas a procesos desmoralizadores era cada vez más temprana, la Congregación amplió el ámbito y alcance de su labor apostólica con el fin de poder dar asistencia no sólo a personas depravadas, sino también a aquellas que podían ser objeto de una cierta degradación moral. Las Constituciones de 1930 dicen lo siguiente: Las casas de la Congregación pueden acoger a mujeres cuyas condiciones de vida podrían llevarlas a su perdición; sin embargo, en tal caso, el número de las admitidas debe ser limitado.